协议离婚时，子女抚养问题主要涉及抚养权归属、抚养费支付、探视权行使等方面，具体如下：
抚养权归属：父母双方可协商确定孩子随父或随母生活。一般来说，两周岁以下子女，以由母亲直接抚养为原则，但母亲存在患有久治不愈的传染性疾病、有抚养条件不尽抚养义务等特殊情形的，可随父方生活。已满两周岁的，双方应根据最有利于未成年子女的原则协商，一方已做绝育手术、子女随其生活时间较长等情形的，可予优先考虑。已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
抚养费支付：不直接抚养孩子的一方需支付抚养费，包括生活费、教育费、医疗费等。数额可根据子女实际需要、父母双方负担能力和当地实际生活水平确定。支付方式可选择按月、按季度或一次性支付，具体支付方式和期限应在离婚协议中明确约定。
探视权行使：离婚后，不直接抚养子女的父或者母，有探望子女的权利，另一方有协助的义务。协议中应明确探视的时间、方式，如每周探视几次、每次多长时间，是到直接抚养方家中探视还是带子女外出活动等，以保障不直接抚养方与子女的正常交往，利于孩子身心健康成长。
特殊情况约定：为应对可能出现的变化，可在协议中对特殊情况进行约定。例如，当孩子发生重大疾病、升学等需要大额支出时，费用的承担方式；约定抚养权变更的情形，如与子女共同生活一方因患严重疾病无力继续抚养子女等，一方可要求变更抚养权。